MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 11206

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013960	AGA	2	6	42	47	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013960	TCC	2	6	61	66	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_013960	T	6	6	94	99	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013960	AAT	2	6	114	119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013960	TC	3	6	183	188	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_013960	GTT	2	6	1641	1646	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013960	A	7	7	1648	1654	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013960	CCA	2	6	1682	1687	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_013960	ATA	2	6	1720	1725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013960	ATTAA	2	10	1734	1743	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013960	TCACTA	2	12	1778	1789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013960	ATA	2	6	1809	1814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013960	AG	3	6	1875	1880	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013960	TTTTA	2	10	3016	3025	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013960	AAC	2	6	4149	4154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013960	ATT	2	6	6604	6609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013960	G	6	6	6637	6642	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013960	A	6	6	8034	8039	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013960	GAT	2	6	8082	8087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013960	A	7	7	10821	10827	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013960	TAA	2	6	10835	10840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013960	ATT	2	6	10842	10847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013960	CTT	2	6	12123	12128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_013960	T	6	6	12151	12156	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013960	TTTG	2	8	12189	12196	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013960	TTG	2	6	12258	12263	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013960	GGT	2	6	12284	12289	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013960	GCTT	2	8	12344	12351	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_013960	CACC	2	8	12510	12517	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_013960	CT	3	6	12531	12536	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_013960	TCT	2	6	14389	14394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013960	GA	3	6	14398	14403	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013960	ATC	2	6	15420	15425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013960	AAAAAC	2	12	15444	15455	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_013960	ATGG	2	8	15466	15473	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013960	A	6	6	15707	15712	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013960	TAT	2	6	15718	15723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013960	CAT	2	6	16615	16620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013960	CTG	2	6	16671	16676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013960	TCC	2	6	19259	19264	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_013960	CAGG	2	8	19268	19275	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_013960	ATAGC	2	10	20983	20992	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013960	TCT	2	6	23392	23397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_013960	TGAAAA	2	12	23413	23424	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013960	AGA	2	6	23427	23432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013960	TCT	2	6	25767	25772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013960	CCT	2	6	26365	26370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_013960	TATT	2	8	26469	26476	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013960	TATC	2	8	27796	27803	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_013960	CCAG	2	8	27827	27834	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_013960	TCA	2	6	27974	27979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013960	ATA	2	6	27986	27991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013960	GA	3	6	27994	27999	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013960	CTG	2	6	28040	28045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_013960	AAT	2	6	28217	28222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013960	GTT	2	6	29873	29878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013960	ATG	2	6	29933	29938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013960	AT	4	8	30012	30019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013960	CCTC	2	8	30109	30116	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
60	NC_013960	T	7	7	30121	30127	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013960	GAG	2	6	30156	30161	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013960	TGC	2	6	30183	30188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013960	GTT	2	6	30195	30200	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013960	A	6	6	30366	30371	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013960	GGC	2	6	30413	30418	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_013960	TGA	2	6	30433	30438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013960	TGCA	2	8	30439	30446	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_013960	GC	3	6	30492	30497	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_013960	T	6	6	30552	30557	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013960	AGG	2	6	31667	31672	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013960	T	6	6	31674	31679	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013960	T	6	6	32226	32231	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013960	GTTG	2	8	35464	35471	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013960	CAA	2	6	36390	36395	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_013960	GTA	2	6	36396	36401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013960	AATG	2	8	36428	36435	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013960	AGG	2	6	38098	38103	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013960	CTTC	2	8	38138	38145	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_013960	A	7	7	38199	38205	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013960	G	6	6	38231	38236	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013960	T	6	6	38319	38324	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013960	GTTAA	2	10	38337	38346	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013960	GGT	2	6	40965	40970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013960	TTA	2	6	42862	42867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013960	CTG	2	6	42931	42936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013960	CCA	2	6	42940	42945	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_013960	C	6	6	43032	43037	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
88	NC_013960	GTG	2	6	43045	43050	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013960	T	6	6	43076	43081	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013960	T	6	6	43099	43104	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013960	T	6	6	43124	43129	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013960	TCC	2	6	43145	43150	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_013960	GAA	2	6	43162	43167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013960	CCTG	2	8	43208	43215	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_013960	T	6	6	43243	43248	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013960	TAA	2	6	43309	43314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013960	TAA	2	6	43323	43328	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013960	AAT	2	6	43346	43351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013960	ATT	2	6	43414	43419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013960	TTG	2	6	43544	43549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013960	A	6	6	43601	43606	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013960	TTG	2	6	44057	44062	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013960	TCC	2	6	44117	44122	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_013960	T	6	6	44371	44376	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013960	TTA	2	6	44378	44383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013960	TATT	2	8	44418	44425	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013960	TTA	2	6	44482	44487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013960	TAGGG	2	10	44529	44538	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013960	GGC	2	6	44547	44552	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_013960	AACTAT	2	12	44630	44641	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_013960	ATT	2	6	44655	44660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013960	AAAT	2	8	44685	44692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013960	GAT	2	6	44696	44701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013960	AT	4	8	44725	44732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013960	GAA	2	6	44768	44773	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013960	GAG	2	6	44870	44875	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013960	AAGG	2	8	44928	44935	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013960	AGA	2	6	44971	44976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013960	TA	3	6	45027	45032	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013960	TA	4	8	45039	45046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013960	AG	3	6	45082	45087	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013960	GAG	2	6	45111	45116	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013960	TGT	2	6	46093	46098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013960	CTT	2	6	46187	46192	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013960	ACC	2	6	46218	46223	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_013960	CT	3	6	46325	46330	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_013960	T	7	7	48056	48062	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013960	G	6	6	48095	48100	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013960	ACC	2	6	48127	48132	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_013960	TAA	2	6	48178	48183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013960	TTAT	2	8	48194	48201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013960	GAAG	2	8	48206	48213	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013960	GCC	2	6	48343	48348	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_013960	TAA	2	6	48430	48435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013960	T	6	6	49857	49862	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013960	TAATT	2	10	49864	49873	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013960	TAA	2	6	49904	49909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013960	ATT	2	6	51547	51552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013960	T	7	7	51551	51557	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013960	GCT	2	6	51601	51606	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_013960	AAT	2	6	51703	51708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013960	TAG	2	6	51781	51786	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013960	ATG	2	6	51845	51850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013960	CAAT	2	8	51865	51872	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_013960	AAT	3	9	51870	51878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013960	A	6	6	51879	51884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013960	TA	4	8	51885	51892	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013960	A	6	6	51901	51906	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013960	A	8	8	51909	51916	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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